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１９８３年４月、セブ日本人会が母体となって、セブ補習校が正式に発足する。
（セブ日本人会の発足は１９８２年４月で、会員数４０人ほどであった。）
発足時は，幼稚部７人、小学部６人、講師２人の規模だった。
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１９９１年、セブ市に日本人会・商工会議所と共同で専用事務所を開設し、恒常的な教室を確保する。（それまでは、個人宅あるいは修道院などを転々としていた）
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１９９８年、教室を隣に拡張する。（２倍以上の面積となる）
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２００２年７月、日本人会・商工会議所と共にマンダウエ市の現在地に移転。（占有面積は以前と比較して４分の３となる） |
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２００２年１０月に校名を 『セブ日本人補習授業校』 と改称する。 |
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２００２年１１月から帰国子女小学生６クラス、中学生１クラス、日本語クラス４クラスの、計１１クラス編成を行い、補習の強化と明快化を進める。 |
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２００３年４月より補習校の学年度と会計年度を、従来の１月～１２月から、本邦と同様の４月～３月に変更した。 |
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２００３年４月～５月の現地校夏休みを利用して、日本語未熟者を対象に 『日本語学習サマー・スク ール』 が毎週月、水、金の２時間日程で、計４８時間開かれた。 |
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２００４年度より中学部を修了した成績優秀者を、日本語クラスの講師補助として採用するインターン制度を発足させる。２００４年度は２名。 |
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２００４年度より４月と１０月の年２回の入学日を４月のみに変更する。（途中入学者の場合、本邦の学校に在籍した転入者のみ可能とする。） |
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２００４年４月の新入学者は過去最大の１３名となり、この結果、５月末現在で在籍者数は過去最大の６２名となる。（クラスは小学部６クラス、中学部1クラス、日本語クラス４クラス） |
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２００４年度の 『日本語学習サマー・スクール 』 は５月に３クラスを開講し、各クラス合計２４時間開かれた。 |
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２００４年度MJS（マニラ日本人学校）巡回指導が年１回から４回に変更された。 |
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２００４年度海外子女財団の教育援助事業校に選ばれ、講師研修ならびにインターネット授業をMJSの協力の元に行った。 |
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２００５年３月に教室を拡張し、４月入学者は過去最高の３３名を数え、日本語クラス２、教科書クラス１のクラス増を行った。 |
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２００６年度の日本語クラス講師は日本に公募を行い、応募多数の中、有資格者１名が着任した。海外子女財団機関誌１０月号に本校の紹介記事が２ページにわたって掲載された。 |
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２００６年度MJS（マニラ日本人学校）巡回指導が年４回から３回に変更された。 |
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２００７年２月にPTA臨時総会が開かれ、２００７年度から午前教科書クラス、午後日本語クラスの２部制が可決された。 |
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２００７年度、 学校事務管理を行う事務員を配置した。 |
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２００８年1月、NHK地球ラジオという番組で、本校児童２名の作文が紹介された。 |
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２００８年４月、全校児童生徒数過去最高の105名、教科書クラス（小１～中３）が９クラス（66名）、日本語クラス（Ｂ、C、D、E、F、Ｓ）が６クラス（39名）の、計１５クラスで運営された。 |
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２００８年度からスクールボランティア制度が施行され、学習補助を必要とする生徒への授業中のサポート、特別授業などが、無償ボランティアにより行なわれるようになった。 |
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２００８年９月より１１月の３ヶ月間で、「日本語能力試験LPT対策講座」が、１８時間行われる。（以後、２００９年度、２０１０年度も同様に行われた。）
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２００９年度、学校事務管理、資金管理全般を行う事務長を配置した。
（２０１０年度、事務長は廃止） |
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２０１１年度MJS（マニラ日本人学校）巡回指導が年３回から２回に変更された。 |
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２０１２年1月にPTAより文書での承認を得て、２０１２年度（２０１２年４月）から午前教科書クラスと午後日本語クラスが午前のみの合同授業となることが決定された。 |
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通年の運営資金は入学金・授業料・補助金（外務省）が主であり、財政体質は脆弱である。
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この他に、海外子女教育振興財団より、毎年学校設備・器材の購入助成がある。
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しかしながら、補習校の規模で在籍数が４０人を超えると中規模補習校とみなされて、従来の助成金がカットされる通達もあり、こう言った助成や寄付に頼らない補習校としての財政の健全化、独立採算化を求められつつある状況になっている。
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上記の状況を踏まえて２００２年１０月から、教材費として月１５０ペソの徴収をＰＴＡの承認の元に開始する。
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２００３年前期より、従来無料で配布していた国支給の教科書移送費を実費徴収する事になる。但し暫定的に補習校通学者は無料、補習校外の児童・生徒から徴収の措置とする。
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２００４年度から傷害保険料、PTA会費を毎月の徴収に改める。（徴収総額は同じ）
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２００５年４月から学校経費徴収額（入学金を含む）の全面改定を行い、毎月の徴収額は一人当たり１０７０ペソとなる。なお、新規に施設費の項目を設ける。
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２００７年４月から授業料改定に伴い、毎月の徴収額は一人当たり１３００ペソとなる。別に学校障害保険料（年額１４４０ペソ）を４月に一括徴収する。
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２００９年４月から政府助成金が大幅カットされる（65％カット）との通達に対応して授業料を改定し、毎月の徴収額は１９５０～２１００ペソ（会員区分により施設利用料が違う）となる。
また現金での納入は、損金事故防止のため、毎月第一土曜日のみ受付となる。 |
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２０１０年度、傷害保険料の種類を変更し、徴収額は年額２７０ペソとなる。 |
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２０１０年６月から、PTA会費も一括徴収となる。（年額６００ペソ） |
